难检DNA样品分型检测新进展
 BIOVIP.COM  来源：上海情报服务平台    2007年07月18日
在法医DNA检验中，STR（短串联重复序列）技术已经广泛用于个人识别和亲权鉴定方面。但低拷贝数量的DNA和/或高降解的DNA样本（难检DNA样本）的STR分型仍是法医学DNA检验的难题。扩增前引物延伸(IPEP)、全基因组扩增和MiniSTR（在设计引物时，使其结合在更靠近核心重复序列的侧翼序列，PCR扩增的产物就会比STR基因座更短一些）等技术的应用，使难检DNA样本的STR分型成功率获得提高。本文就50pg以下拷贝数量的难检DNA样本分型检测进展介绍如下：  

上海市刑事科学技术研究所周怀谷等[1]建立基于多重置换扩增（MDA）技术的全基因组扩增法，采用REPLI-g试剂盒对样本进行等温全基因组扩增，扩增产物采用Pronler  Plus试剂盒确定样本的十个STR基因座的等位基因型。10pg  DNA模板经全基因组扩增后，能够进行DNA分型。  

南方医科大学法医学研究所陈玲等[2]用改良IPEP法对痕量样品DNA进行全基因组扩增,扩增产物用实时荧光定量PCR技术定量、用AmpFLSTR  Indentifiler试剂盒作基因型检测。结果：该方法可增加模板DNA约200-1100倍。基因组DNA不低于0.025ng时,可获得15个STR基因座和Amelogenin性别基因座的分型结果。基因组DNA0.01-0.025ng时,可获得9个以上基因座的分型结果。  

美国俄亥俄大学化学和生物化学部的Chung等[3]利用重新设计引物序列（Miniplexes），开发了STR标记，并就miniSTR对降解DNA  模板的扩增效率进行了评价。从不同环境下收集的两个人骨骼残留样本，当DNA模板量低至31pg/25μL，利用miniSTR技术仍可得到正确的分型。  

中佛罗里达大学Hanson  EK等[4]研究了一种改进的全基因组扩增策略，采用微小的，但重要的改良的引物延伸预扩增(改良-IPEP-PCR)。5pg的DNA模板（相当于1-2个双倍体细胞）就能获得全部常染色体STR  和  Y-STR图谱。在外部环境中暴露1年的血迹中DNA，经过mIPEP  处理，可获得部分Y-  和常染色体  STR图谱。一个皮纹指印接触  DNA  经过mIPEP可获得  STR图谱。  

加拿大维多立亚警察法医学服务部Ballantyne等[5]对两种可利用的商业试剂GenomePlex和  GenomiPhi分析LCN和高降解的DNA样本进行了研究。与非全基因组扩增的对照DNA样本相比，10pg的模板，利用GenomePlex和  GenomiPhi试剂分型的成功率增加超过700%。利用全基因组扩增，降解DNA的扩增成功率也得到改善。利用限制性酶获得模拟的降解DNA，证明能获得先前不能扩增的STR位点的分型。  

韩国延世大学医学院的Park等[6]为提高降解DNA模板Y-STR分型的成功率，为21个Y-STR位点开发了两套多重PCR。除了商业化的Y-STR试剂盒AmpFlSTR(R)  Yfilertrade  mark的17个Y-STR位点（DYS19，DYS385，DYS389-I，DYS389-II，DYS390，DYS391，DYS392，DYS393，DYS437，DYS438，DYS439，DYS448，DYS456，DYS458，DYS635，和  GATA  H4.1），其他四个位点（DYS388，DYS446，DYS447和  DYS449）也包括在多元系统中，以增加辨别能力。在总的21个  Y-STR位点，8个位点(DYS385，DYS390，DYS438，DYS446，DYS448，DYS449和DYS635)是新合成的，九个位点(DYS385，DYS390，DYS391，DYS392，DYS438，DYS439，DYS448和  DYS635)的R  产物长度小于AmpFlSTR(R)  Yfilertrade  mark  试剂盒的扩增产物。利用连续稀释的标准9948男性DNA，进行敏感性评价。结果表明，当模板的浓度低至30  pg，Y-miniplexes的Y-STR位点的所有值都是可信的。利用酶降解的DNA和30个骨骼残留物（50岁），对开发的两套多重PCR系统和AmpFlSTR(R)  Yfilertrade  mark试剂盒的分型效果进行对比。证明以降解DNA作为模板，新的Y-miniplex系统获得的信号优于AmpFlSTR(R)  Yfilertrade  mark试剂盒。

  

参考文献：  
1．全基因组扩增法应用于低拷贝数DNA检测.  法医学杂志.  2006,  22(1):  43-44,  47.  
2．改良IPEP法用于痕量DNA检测的实验研究.  中国法医学杂志.  2007,  22(1):  4-7.  
3．A  study  on  the  effects  of  degradation  and  template  concentration  on  the  amplification  efficiency  of  the  STR  Miniplex  primer  sets.  J  Forensic  Sci.  2004  Jul;49(4):733-40.  
4．Whole  genome  amplification  strategy  for  forensic  Genetic  analysis  using  single  or  few  cell  equivalents  of  genomic  DNA.  Anal  Biochem.  2005,  346(2):246-57.  Epub  2005  Sep  15.  
5．Comparison  of  two  whole  genome  amplification  methods  for  STR  genotyping  of  LCN  and  degraded  DNA  samples.  Forensic  Sci  Int.  2007,  166(1):35-41.  Epub  2006  May  9.  
6．Y-STR  analysis  of  degraded  DNA  using  reduced-size  amplicons.  Int  J  Legal  Med.  2007  Mar;121(2):152-7.  Epub  2006  Nov  15.
 

分享按钮
评论: 
验证码:  
  [Ctrl+Enter]
相关文章
发现川崎病相关基因CASP3
化学特征揭示基因组的遗传开关
一极端厌氧菌基因组测序完成
科学家完成了对埃及伊蚊基因组的测序
世界首份“个人版”基因图谱完成
新发现挑战旧观点 人类基因组图谱解读不易
格陵兰岛发现世界上最早DNA样本
海葵基因组测序完成
科学家确定一种新的与DNA复制相关的酶
留下印迹的MEDEA基因
摘要
在法医DNA检验中，STR（短串联重复序列）技术已经广泛用于个人识别和亲权鉴定方面。但低拷贝数量的DNA和/或高降解的DNA样本（难检DNA样本）的STR分型仍是法医学DNA检验的难题。扩增前引物延伸(IPEP)、全基因组扩增和MiniSTR（在设计引物时，使其结合在更靠近核心重复序列的侧翼序列，PCR扩增的产物就会比STR基因座更短一些）等技术的应用，使难检DNA样本的STR分型成功率获得提高。本文就50pg以下拷贝数量的难检DNA样本分型检测进展...
关键字
法医学 基因组 样本
　
 
最新推荐文章


近期热点新闻