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生物学网络比对模拟细胞机器

分子网络(Molecular network)是分子在细胞内活性展示的骨架。最新研究采用一种比较的方法来解析这些网络结构,即通过比较不同物种、不同分子类型的分子网络(有时甚至是在多样的环境背景中进行比较)。在以下列举的这篇综述中,作者研究了生物网络比较分析(comparative biological network analysis)这一领域,描绘了它在解析细胞机器(cellular machinery)方面,以及预测蛋白质功能、相互作用方面的应用。同时,作者还指出了当前该领域存在的问题,提出了一些自己的解决方案。一些对序列比较有用的方法和概念上的进展都可能会对网络解析起推动作用,如改良的搜索算法,多序列比对的技术,相似性评分(similarity scoring)的进化模型,以及对公共数据库的更好的整合,等等。

(图:序列网络结构的比对:通过比对两物种相应蛋白质序列,可以发现一些相同的蛋白质子网络(subnetwork)结构以及一些保守的序列。除了不同物种间的比较,还可以进行不同生物学条件下以及不同相互作用类型下网络结构的比较。)

参考文献:
Modeling cellular machinery through biological network comparison
Nature Biotechnology 24, 427 - 433 (2006)


 

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摘要
分子网络(Molecular network)是分子在细胞内活性展示的骨架。最新研究采用一种比较的方法来解析这些网络结构,即通过比较不同物种、不同分子类型的分子网络(有时甚至是在多样的环境背景中进行比较)。在以下列举的这篇综述中,作者研究了生物网络比较分析(comparative biological network analysis)这一领域,描绘了它在解析细胞机器(cellular machinery)方面,以及预测蛋白质功能、相互作用方面的应用。同时,作者还指出了...
关键字
不同 网络 序列
 
 
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