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计算基因组学研究方面获新进展

 近日,上海交通大学张大兵教授指导的博士生王丛茂在基因组重测序数据的压缩研究上获得新突破。该项研究建立了一种新的基于参考基因组序列的个体基因组重测序数据的压缩方法GRS,改变了现有个体基因组重测序数据的压缩管理方法;  为研究基因组SNPs,Indels及SVs提供了更好的计算思路,并且为基于染色体水平的计算分子进化和比较基因组学的发展提供了借鉴意义。该论文发表在分子生物学领域的著名刊物《Nucleic  Acids  Research》上。   



  王丛茂是2008年上海交通大学跨学科招生录取的学生,该同学在本科阶段学习的自动化控制专业基础上,结合生命科学研究特点,开展生物信息交叉科学学习和研究工作,在此次文章发表之前,王丛茂同学开发了一套适合双端高通量测序技术的染色质免疫沉淀-测序(CHIP-Seq)DNA-蛋白质结合位点的计算方法,并以第一作者身份在生物信息领域高质量期刊《BMC  Bioinformatics》上发表了这个结果。

 

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摘要
该项研究建立了一种新的基于参考基因组序列的个体基因组重测序数据的压缩方法GRS,改变了现有个体基因组重测序数据的压缩管理方法; 为研究基因组SNPs,Indels及SVs提供了更好的计算思路,并且为基于染色体水平的计算分子进化和比较基因组学的发展提供了借鉴意义。
关键字
计算基因组学
 
 
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