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英特尔与博德研究所携手加强基因组学研究解决方案

北京 2017 年 5 月 26 日电 / 美通社 / -- 近日,英特尔联合博德研究所开发了 “博德 - 英特尔基因组学堆栈 (BIGstack)”,英特尔以先进的分析流程参与和推动了基因组学研究。英特尔公司副总裁兼数据中心解决方案事业部总经理 Jason Waxman 日前就这一成就进行了解读,全文如下:

今天我们迎来了基因组学研究领域一个重大里程碑,英特尔很高兴能够参与推动这三项重大进展:

为更好地理解这些重大成就的意义,我就此展开以下解读:

首先,英特尔和博德有着共同的愿景,那就是充分发挥基因数据的威力,把这些数据广泛地提供给全球各地研究人员,推动重大科学发现。基因组学提供了有关生物体

几乎所有人都了解癌症给患者及其所在家庭会产生怎样灾难性的影响。通过今天的发布,我们可以进一步从分子层面理解癌症和其它疾病的诱因并加快实现精准医疗。

这就是英特尔和博德推出 BIGstack 的原因,它以此前版本 5 倍的速度运行新的 GATK4 Best Practices 分析流程,支持空前的海量数据,并通过生产环境就绪的脚本来简化部署。基于英特尔处理器、Omni-Path Fabric 和固态盘的组合,该架构提升了性能。BIGstack 还包括基于英特尔 FPGA 的优化,早期结果显示,有望在 PairHMM 算法上实现超过 35 倍的提升。

对基因组学分析社区来说,博德 - 英特尔基因组学堆栈的 1.0 版在支付成本方面取得了重大突破。去年 11 月,双方宣布五年内投入 2500 万美元,建立英特尔 - 博德基因组数据工程中心,建设基因组学分析社区也是这项合作的一部分。博德的 GATK 是一个广受欢迎的基因组分析工具包,超过 45,000 个学术、非营利机构和商业领域的 GATK 用户将可以使用这个堆栈。

这个新的参考架构今天在 BioIT World 2017(全球生物信息会议)暨博览会上发布,点击此处了解有关该参考架构方案的更多信息。此外,我们还希望分享如下内容:

华大基因此次宣布的消息令人非常兴奋,这意味着中国和美国领先的基因组研究机构将使用相同的开源软件工具。这也推动了数据标准化和共享,有助于未来进行体量更大、更好的科学研究。

近期,我有幸访问了位于剑桥的英特尔 - 博德基因组数据工程中心,该中心进行的重大优化已经包括在 GATK4 中。我希望 BIGstack 能成为全球领先的基因组研究机构的高级分析工作负载的通用平台,推动合作和科学突破。

最后,这套交钥匙解决方案将作为参考架构,提供给原始设备制造商 (OEM) 和系统集成商,其中包括联想、HPE、浪潮和 Colfax 等等。

长久以来,英特尔团队不断以先进技术推动科学上一个又一个的突破。这些成就让我相信,我们会在有生之年看到癌症不再成为绝症。我们十分荣幸地看到,英特尔与博德和华大基因等领先机构的合作,正让这个梦想成为现实。

展望未来,对于基因变异复杂的相互作用以及治疗如何影响分子路径的研究,需要基于对样本反复学习,而这将成为机器学习新的研究领域之一。通过全球菁英的合作,英特尔工程师正在运用人工智能来应对即将到来的重大挑战。

更多详情,请访问英特尔 - 博德基因组数据工程中心的官方网站:www.intel.com/broadinstitute。

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